Ingresó a la Compañía de Jesús el 31 de mayo de 1961 y realizó sus estudios de Filosofía en la Facultad de la Compañía de Jesús de Alcalá de Henares, España (1965-1967) y de Teología en el Seminarios “San Antonio Abad” del Cusco y en la Facultad Pontificia y Civil de Lima (1969 – 1972).

Fue ordenado sacerdote el 18 de diciembre de 1971. Desempeñó su trabajo pastoral en las ciudades de Tacna, Lima y Ayacucho.

Fue Profesor y Director Espiritual del Colegio Cristo Rey en Tacna y Superior de la Comunidad de Tacna (1972 – 1981). Director espiritual del Colegio Francisco Javier de Lima (1982), responsable de la Pastoral Juvenil y Vocacional de la Provincia Jesuita (1982 – 1987).Superior de la Comunidad Jesuita del Juniorado (1982-1985) y de “Nuestra Señora de los Desamparados” Breña – Lima (1989-1991), Superior de la Comunidad Jesuita de Ayacucho (1992-1995), Superior de la Comunidad Jesuita de Tacna (1976 – 1981 y 1996-2001), Párroco y Coordinador de la Red Apostólica Jesuita de Tacna y Moquegua (1996 – 2001).

El 21 de noviembre del 2001 fue elegido por el Papa Juan Pablo II como Obispo Vicario Apostólico de Jaén. Su ordenación episcopal fue el 1º de enero del 2002. La toma de posesión como Obispo Vicario apostólico de Jaén fue el 6 de enero del 2002.

Durante su ministerio episcopal (6 de enero 2002 al 17 de julio del 2004) destaca la propuesta de un proceso de renovación y evangelización de la Iglesia Particular de Jaén. Se está viviendo la Etapa Previa (2003-2006) con el lema: “SOMOS IGLESIA CONSTRUYENDO COMUNIDAD” . El marco eclesial que se ha propuesto vivir es el de los Hechos de los Apóstoles en sus tres dimensiones: “con la fuerza del Espíritu Santo” (2004); “ en misión ” (2005) y “ desde las pequeñas comunidades” (2006).

Todo el proceso se inspira en una espiritualidad de “comunión y participación” de todos los bautizados. Por eso desde marzo del 2003 se cuenta con el Equipo Vicarial de Animación Pastoral - Obispo. Sacerdotes diocesanos y religiosos, religiosas y laicos de las diversas Zonas (Urbana, Rural y de Selva) y con el valioso apoyo del Centro de Espiritualidad “Emaús” marcan el ritmo del trabajo eclesial hacia una Pastoral Orgánica o de Conjunto.

En Enero del 2003 Mons. Pedro R. Barreto Jimeno, S.J. es elegido como representante de la Selva, en el Consejo Permanente de la Conferencia Episcopal Peruana. Así mismo en esa misma fecha fue elegido como Delegado de los Obispos del Perú ante el CELAM (Conferencia Episcopal Latinoamericana).

Desde enero del 2004 empezó su funcionamiento la Oficina de Desarrollo de la Red Pastoral del Vicariato Apostólico de Jaén para asegurar la ejecución y sostenibilidad de los servicios pastorales.

El 17 de julio del 2004, el Papa Juan Pablo II lo nombró Arzobispo Metropolitano de Huancayo. Tomó posesión de la Arquidiócesis el dia 05 de setiembre de 2004.

El 22 de marzo del año 2005, por iniciativa del Arzobispado de Huancayo, se instaló la Mesa de Diàlogo: "Solución Integral y Sostenible al Problema de Salud Ambiental y Laboral en La Oroya y la Cuenca del Rìo Mantaro", que agrupa a màs de 60 instituciones del Estado y la sociedad civil de la Región Junín.

Mediante Resolución Nº 006/2006/CEP, de la Conferencia Episcopal Peruana, del 25 de enero del 2006, es nombrado Presidente de la Comisión Episcopal para la Acción Social, para el Periodo 2006-2008.